处理地基纠纷的方法如下：
协商解决
双方当事人应首先尝试通过协商的方式解决纠纷。在协商过程中，双方应尊重历史，充分理解彼此的立场和过去的约定，互谦互让，以达成共识。
申请处理
如果协商未果，当事人可以向当地乡镇政府或土地管理部门提出处理申请。申请应以书面形式提交，内容包括双方当事人的姓名、地址、争议的具体情况和要求，并附上相关证据和示意图。
受理部门在收到申请后，应在规定时间内决定是否受理，并通知双方当事人。如果决定受理，受理机关将先行调解。调解无效的，将作出处理决定。
调解无效，直接申请
如果乡镇政府不予受理或当事人对处理结果不满意，可以直接向县政府或自然资源局申请处理。处理机关在收到申请后，会先尝试调解。调解无效的，将作出处理决定。当事人对处理决定不服的，可以在规定时间内申请复议或提起诉讼。
司法解决
当事人如果对有关人民政府的处理决定不服，可以在接到处理决定通知之日起30日内，向人民法院提起诉讼。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
仲裁
当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向仲裁机构申请仲裁。仲裁是一种替代诉讼的方式，双方可以在仲裁员的主持下，依据法律、法规和政策达成仲裁协议，解决纠纷。
在处理地基纠纷时，建议当事人尽量通过协商或调解的方式解决问题，以减少诉讼成本和时间。如果必须通过法律途径解决，应遵循法律程序，确保合法合规。同时，建议咨询专业律师，获取更具体的法律建议和支持。
