公积金超限扣税的方法如下：
扣除标准
根据《财政部 国家税务总局关于基本养老保险费 基本医疗保险费 失业保险费 住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税〔2006〕10号），单位和个人分别在不超过职工本人上一年度月平均工资12%的幅度内，其实际缴存的住房公积金，允许在个人应纳税所得额中扣除。单位和职工个人缴存住房公积金的月平均工资不得超过职工工作地所在设区城市上一年度职工月平均工资的3倍，具体标准按照各地有关规定执行。
超出部分处理
如果单位和个人缴存的住房公积金超过了上述规定的比例和标准，那么超出部分应并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。
具体操作
超出部分的住房公积金应计入个人当期的工资、薪金收入中，按照个人所得税法的相关规定进行申报和缴纳。具体税率和速算扣除数应根据个人所得税法及其实施细则确定。
地方政策
各地可能会有不同的具体执行标准，例如深圳市规定，自2024年6月1日起，单位和职工个人缴存住房公积金的月平均工资不得超过43659元（14553元×3倍），超过上述规定比例或标准缴交的住房公积金，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。
建议：
建议个人在缴纳住房公积金时，确保不超过当地规定的比例和标准，以避免超出部分需要计入工资、薪金并缴纳个人所得税。如有疑问，可咨询当地税务部门或住房公积金管理中心获取具体指导。
