处理工作时间超时的问题，可以采取以下步骤：
与用人单位协商
劳动者可以与用人单位进行协商，要求其按照正常的工作时间来安排工作或者依法支付加班费。
申请调解或仲裁
如果双方协商不成的，劳动者可以通过申请调解、仲裁或起诉的方式来处理。
拒绝加班并投诉
劳动者有权拒绝加班，并可以知会主管或安排加班的管理人员。如果用人单位超标安排加班，劳动者可以向劳动监察部门投诉，由劳动监察给予警告、责令改正，并处罚款。
向劳动监察部门举报
工作时间超时还可以去劳动局劳动监察大队举报，或者向当地的工会举报、申请劳动仲裁。有争议按程序走，有异议的可以上诉至地方人民法院。
法律依据
根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位安排加班应当与工会和劳动者协商，征得劳动者同意，且每天不得超过3小时，每月不得超过36小时。劳动者有权拒绝加班，知会主管或者安排加班的管理人员即可。
对于用人单位超标安排加班的，劳动者可以向劳动监察投诉，由劳动监察给予警告，责令改正，并处罚款。
支付加班费
安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的300%的工资报酬。
申请支付令
用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
通过以上步骤，劳动者可以有效地处理工作时间超时的问题，维护自己的合法权益。
