对于拥有多个分店的个体工商户或企业，交税的方式主要取决于分店的性质、是否独立核算以及是否汇总纳税等因素。以下是几种常见的交税方式：
分别办理税务登记和缴纳税款
个体工商户或企业若拥有多个分店，应按照国家有关规定，同时办理税务登记，并在各门店登记税务登记证。按照各门店应缴税金比例，分类分别交纳税款。
汇总申报纳税
如果账证齐全，总公司可以统一申报纳税。这种情况下，可以设置一个税务登记，汇总所有分店的税款进行申报和缴纳，这种方式比较方便。
独立核算和分别缴税
独立法人分公司：独立核算、单独交税，每个月都要缴纳税金，包括企业所得税、增值税、个人所得税及其他税种。
非法人企业分公司：一般不用缴企业所得税，其他税种可以根据需要缴纳。企业所得税是年底汇总缴纳，即汇总到企业总公司缴纳。增值税则应在分公司所在地申报缴纳。
跨区经营的分店分别缴税
如果分公司位于不同的税务监管区域，则各分公司必须依照各自所在地区的税务主管部门规定，分别向其进行申报及缴纳税款。
独立核算资格的分店自主申报缴税
具备独立核算资格的分公司，可以单独进行企业所得税等各类税收项目的自主申报和缴纳工作。
建议
统一管理与分散申报：建议总公司设立专门的财务和税务管理部门，统一协调和管理各分店的税务事宜，确保合规性和准确性。
利用信息化系统：采用先进的财务和税务管理系统，实现各分店财务数据的实时更新和税务申报的自动化，提高工作效率。
关注税收政策变化：定期关注税务政策的最新动态，确保交税方式符合最新的法规要求，避免因政策变动带来的风险。
以上内容仅供参考，具体交税方式还需根据企业实际情况和当地税务法规进行详细咨询和操作。
